El Museo de la Colegiata abre sus puertas al público en mayo de 2003, en donde se exponen obras pertenecientes al patrimonio artístico de la antigua Colegiata de Santa María de Borja, de las conservadas en esta Colegiata tras la supresión de los cuatro conventos religiosos de la ciudad de Borja y de obras de procedencia privada donadas a la parroquia
El Museo de la Colegiata de Borja surge como una idea cultural orientada hacia el fomento de la investigación, recuperación y conservación del patrimonio cultural de la ciudad de Borja